

Mortal Kombat 3, 2D dövüş serisine yeni unsurlar getiriyor: çok seviyeli oyun alanları, "Dial-A-Combo" saldırıları, savaşları hızlandırmak için "Koş" düğmesi ve "Vs." Her iki oyuncu da eşleşme öncesi ekranlarda bir kod dizisine girdiğinde yeni güçlerin ve yeteneklerin kilidini açan kodlar. Ayrıca, her savaşçının Centaurialı infazcı Motaro ve Shao Kahn'ın kendisi ile birebir mücadeleye çalıştığı sahnede daha fazla ölüm ve bitirme hamleleri de yer alıyor.
Turnuva savaşlarındaki sürekli kayıplardan bıkan ve Outworld turnuvasında Liu Kang'a yenilen Shao Kahn, 10.000 yıllık bir planı yürürlüğe koyar. Shang Tsung liderliğindeki Gölge Rahiplerinin genç yaşta beklenmedik bir şekilde ölen eski Kraliçesi Sindel'i canlandırmasını sağlayacaktı. Ancak Outworld'de yeniden canlandırılmayacaktı. O, Dünya Aleminde diriltilecekti. Bu, Shao Kahn'ın sınır çizgilerini geçmesine ve kraliçesini geri almasına olanak tanıyacaktı. Sindel Dünya Aleminde reenkarne olduğunda Shao Kahn onu geri almak için boyutların ötesine ulaşır. Onun eyleminin bir sonucu olarak Dünya Alemi, Dış Dünya'nın bir parçası haline gelir ve milyarlarca kişiyi anında öldürür. Rayden onların ruhlarını koruduğu için yalnızca birkaçı kurtuldu. Onlara Shao Kahn'ın durdurulması gerektiğini söyler ama müdahale edemez; statüsü nedeniyle Outworld'de hiçbir gücü yoktur ve Earth Realm, Outworld ile kısmen birleştirilmiştir. Shao Kahn, Dünya Diyarı'nda dolaşmak ve hayatta kalanları öldürmek için imha ekiplerini serbest bıraktı.