

Oyunculara Naruto Shippuden hikayesini anlatan cesur ninja savaşçıları, tüm rakiplere karşı zafer kazanmak için stratejik olarak doğru destek karakterlerini işe almalıdır. Kazanan kombinasyonla oyuncular, yollarına çıkan düşmanları yok etmek için daha büyük ve daha patlayıcı Takım Özel Tekniklerini kolayca serbest bırakabilirler.
Oyunun macera modu, orijinal manganın 245 ila 450. bölümlerini kapsıyor. 245. Bölüm, yeni bir hikaye akışının başlangıcına öncülük etmenin yanı sıra, televizyonda Naruto: Shippuden olarak uyarlanan "Bölüm II" olarak adlandırılan efsane akışının da başlangıcını işaret ediyor. Naruto Uzumaki'ye odaklanan ana hikaye, bir önsöz bölümü de dahil olmak üzere 8 bölüm aracılığıyla anlatılıyor. Hepsini temizlemek, 404'ten 417'ye kadar ardışık olmayan birkaç manga bölümüne dayanan, Taka'nın Killer Bee'yi başarısız bir şekilde yakalamasını detaylandıran ek bir "parça" bölümünün kilidini açar.