

Kötü Ana Beyin'in acımasız ajanları olan Uzay Korsanları, bir araştırma istasyonundan son Metroid'i çaldı ve Ana Beyin bir kez daha galaksinin güvenliğini tehdit ediyor! Samus Aran, mağaralarla dolu Zebes gezegeninin derinliklerinde saklı ölümcül Metroid'i geri almak için müthiş yüksek teknoloji silahlarını kuşanmalı. Super Metroid, keşfedilecek çok çeşitli düşman ve dünyalarla birlikte mükemmel grafiklere sahiptir. Yan görüş aksiyonu pek çok oyuncuya tanıdık gelecektir, ancak artık yeni silahlar ve eşyalar var; bunlar arasında Samus'un büyük uçurumlar üzerinden sallanmasına olanak tanıyan Grappling Beam ve gizli geçitleri açığa çıkaran X-Ray Scope da var.
Samus görevini tamamladıktan ve Galaktik Federasyonun komutasındaki SR388'deki tüm Metroid nüfusunu yok ettikten sonra ("Bebek" lakaplı Metroid Yavrusu dışında), Yavru Yavruyu araştırma için Ceres Uzay Kolonisine getirdi. Ancak ayrıldıktan kısa bir süre sonra İstasyondan bir imdat sinyali aldı ve araştırmak için geri döndü. Samus, Bebek'in incelendiği Uzay Bilimleri Akademisi'ne vardığında tüm bilim adamlarının katledildiğini ve Bebeği kayıp tutan muhafaza biriminin öldürüldüğünü görür. İstasyonu daha fazla araştırdığında Bebeği küçük bir kapsülün içinde bulur. Yaklaşırken Ridley belirir ve kapsülü alır. Kısa bir savaşın ardından Samus, Ridley'i püskürtür ve Ceres'i yok etmek için kendi kendini yok etme dizisini etkinleştirir. Patlamadan kurtulduktan sonra Ridley, Zebes'e kaçar ve Samus onun peşine düşer.