

Assassin's Creed, doğrusal olmayan bir aksiyon-macera video oyunudur; bu oyunda, oyuncu, Üçüncü Haçlı Seferi sırasında hayatı 21. yüzyıldan kalma soyundan gelen Desmond Miles tarafından Animus aracılığıyla deneyimlenen Altaïr İbn-La'Ahad adlı 12. yüzyıldan kalma bir Levanten Suikastçısını kontrol eder.
Bir barmen olan Desmond Miles, genetik hafızayı simüle edebilen bir cihaz olan "Animus"ta test konusu olarak kullanılmak üzere Abstergo Industries şirketi tarafından kaçırılır. Abstergo, Desmond'u, Kutsal Topraklarda Üçüncü Haçlı Seferi sırasında yaşayan, 1191 yılında Assassin Kardeşliği'nin bir üyesi olan atası Altaïr İbn-La'Ahad'ın anılarını hatırlamak için cihaza yerleştirmeyi planlıyor. Başlangıçta Desmond cihaza alışmakta zorluk çeker, ancak sonunda önümüzdeki birkaç gün içinde Altaïr'in maceralarını yeniden yaşar. Daha sonra oyun, Animus'taki sorunlar veya Kanama Etkisinin başlaması nedeniyle ara sıra Desmond'a geçişlerle birlikte öncelikle Altaïr'in bakış açısına göre değişir. Oyun, Desmond'un Altaïr'in hafızasına girmesiyle başlar ancak kısa sürede senkronizasyon sorunlarıyla karşılaşır. Bunun üzerine Desmond'un Animus'taki güvenliği konusunda tartışan Lucy Stillman ve Warren Vidic'in sesleri duyulabiliyor. Birkaç sorun yaşadıktan sonra Desmond sanal makineden çıkar ve Vidic, makinenin eğitim programını başlatmadan önce ona Animus'un iç işleyişi hakkında bilgi verir. Desmond eğitimi tamamladıktan sonra Altaïr'in en yakın senkronize edilebilir hafızasına girer; Lucy, Desmond'un, Abstergo'nun aradığı bilgiyi içeren son anıya ulaşmadan önce senkronizasyonunu artırmak için Altaïr'in hayatındaki önemli anları yeniden yaşaması gerektiğini ekliyor. Altaïr ilk olarak Malik Al-Sayf ve kardeşi Kadar'ın yardımıyla Süleyman Tapınağı'ndan "Cennetin Parçaları" olarak bilinen bir dizi eserden birini almaya çalışırken gösterilir, ancak bunlar Tapınak Şövalyeleri'nin Büyük Üstadı ve Suikastçıların yeminli düşmanı Robert de Sablé tarafından durdurulur. Altaïr, hazineyi alırken Robert'ı öldürmek amacıyla Assassins' Creed'in üç ilkesini de çiğner, ancak sonunda başarısız olur. Sonraki kargaşada Malik'in erkek kardeşi öldürülür ve Malik'in sol kolu sakatlanır ve daha sonra kesilir. Altaïr, Suikastçıların kalesi Masyaf'a özür dileyerek döndüğünde, de Sablé'den sağ kurtulan Malik, eserle geri döner ve kibirinden dolayı Altaïr'ı küçük düşürür. Tapınakçıların misilleme saldırısını az farkla mağlup eden Suikastçıların lideri Al Mualim, Altaïr'i acemi rütbesine indirir ancak ona Kardeşlik saflarında yükselmesi için bir şans daha verir. Al Mualim, Altaïr'e Haçlı ve Saracen güçleri arasında barışı sağlamak amacıyla Kutsal Topraklar'daki Kudüs, Akka ve Şam'daki dokuz önemli şahsiyete suikast düzenleme görevi verir. Her hedef, Majd Addin, Garnier de Naplouse, Jubair al Hakim, Abu'l Nuqoud, Sibrand, Montferratlı William ve Robert de Sablé dahil olmak üzere Üçüncü Haçlı Seferi'nden gerçek bir tarihsel figüre dayanmaktadır. Altaïr her görevi tamamlayarak her hedefin Robert ve Tapınakçılarla nasıl bağlantılı olduğunu ve birlikte Haçlı Seferlerini nasıl sonlandırmayı ve Kutsal Toprakları kendi kontrolleri altına almayı hedeflediklerini öğreniyor. Her iki taraftan da adamlar öldürüldüğünde, Robert'ın son planının Hıristiyan ve Müslüman güçlerini yeni ortak düşmanları olan Suikastçılara karşı birleştirmeye çalışmak olduğunu keşfeder. Altaïr, Aslan Yürekli Richard'ın önünde de Sablé'yi yener, savaşın sona ermesinin her iki taraf için de memnuniyetle karşılanacağı konusunda Kralı ikna etmeyi başaramaz, ancak Robert'ın komplosunu sona erdirir. Altaïr, de Sablé'den, Al Mualim'in Tapınakçıların bir üyesi olduğunu ve eseri bencilce kendisine saklayabilmek için Suikastçıyı hazinenin gücünün sırrını elinde tutan diğer üyeleri öldürmek için kullandığını keşfeder. Altaïr hızla Masyaf'a döner ve efendisine yaklaşır ve efendisi ona gerçeği açıklar: Altaïr'in doğrudan yardımıyla günah işlemeden önce kurtardığı Cennet Parçası illüzyonlar yaratır. Dini ve diğer görünüşte doğaüstü olayları (örneğin, Mısır'ın On Vebası, Kızıldeniz'in ikiye ayrılması ve Truva Savaşı'nda Yunan Tanrılarının varlığı) Parçanın neden olduğu yanılsamalar olarak suçluyor ve ardından eseri insanoğlunu beyinleri yıkanmış bir duruma zorlamak ve bunu yaparak tüm çatışmalara son vermek için kullanma niyetini belirtiyor; Altaïr sonunda eserin Al Mualim'i öldürmek için yarattığı aldatmacaların arkasını görebilir. Altaïr eseri kurtardığında, Cennet Parçası etkinleştirilir ve dünya çapında işaretlenmiş diğer Cennet Parçaları'nın çok sayıda konumuyla birlikte dünyanın holografik bir görünümünü gösterir. Süreç tamamlandığında Desmond, Abstergo'nun Tapınakçıların modern zaman cephesi olduğunu öğrenir ve onlar halihazırda Altaïr'in anılarında tanımlanan yerlerde başka eserler aramaktadırlar. Dahası, günümüz Suikastçılarının anı tamamlanmadan onu kurtarmaya çalıştıklarını ancak başarısız olduklarını öğrenir. Bunu takiben Desmond, yüksek rütbeli bir Tapınakçı olan Alan Rikkin'in emri üzerine öldürülecekti, ancak Lucy Stillman onu ölümden kurtardı ve bir noktada Suikastçıların parmağı kesme geleneğine atıfta bulunarak yüzük parmağını avucunun içine soktu. Desmond, Abstergo laboratuvarında sıkışıp kalsa da Animus'taki deneyimi, Altaïr'in hayatında bir Kanama Etkisi yarattı ve Desmond'un, Altaïr'in Kartal Görüşü'nü kullanmasına olanak tanıdı ve bu da, odasının duvarlarına ve laboratuvarın zeminine boyanmış tuhaf mesajları görmesine olanak tanıdı. Mesajların tümü, Abstergo'nun "savaşı kalıcı olarak sona erdirecek" bir uyduyu fırlatmayı planladığı 21 Aralık 2012 tarihine yapılan birkaç gönderme de dahil olmak üzere, farklı kültürlerden gelen dünyanın sonunun çeşitli biçimleriyle ilgilidir. Bu yöntemin, Al Mualim'in Masyaf'ı hipnotize ettiği yöntemle aynı, ancak daha büyük ölçekte olacağı ima ediliyor. Sonunda oyun, Desmond'un tüm bu görüntülerin ne anlama geldiğini ve bunları kimin çizmiş olabileceğini merak etmesiyle sona erer.