

Hayatının sonuna doğru Dr. Light, dünyayı değiştirecek yeni robot serisinin ilkini yaratmayı başarır. Düşünebilen ve karar verebilen bu yeni robot, büyük olasılıkların yanı sıra büyük tehlikeleri de bünyesinde barındırıyor. Yaratılışını dünyaya salmanın olası sonuçlarından korkan Dr. Light, onu bir kapsüle kapatmaya ve sistemlerini tamamen güvenilir olana kadar test etmeye karar verir. Gelecek onun kaderine karar vermek zorunda kalacak... Dr. Cain tarafından kapsülden çıkarılan "X", robot isyanlarının geçmişte kaldığı geleceğin dünyasında doğuyor. Ancak Dr. Cain, Dr. Light'ın tasarımlarını yeni bir Reploid serisine uygulamaya çalıştığında, bir şeyler korkunç derecede ters gider. Artık gelecek yıkımın eşiğinde ve insan ırkı gezegenden silinmeden önce Sigma ve güçleriyle yüzleşmek için yeni bir Mega Man ortaya çıkmalı!
21XX yılıdır. İnsan bilimcisi Dr. Cain, fosil kaydı bulmaya çalışırken geçmişten gelen bir robotun bulunduğu bir kapsül ortaya çıkarır: Mega Man X. Kapsül, yaratıcısı Dr. Light'tan bir uyarı mesajı içeriyordu: UYARI: "X", YENİLİKÇİ BİR ÖZELLİK İÇEREN YENİ NESİL ROBOTLARIN İLKİDİR: DÜŞÜNME, HİSSETME VE KENDİ KARARLARINI VERME YETENEĞİ. ANCAK BU YETENEK ÇOK TEHLİKELİ OLABİLİR. EĞER "X", ROBOTİĞİN İLK KURALINI, "BİR ROBOT BİR İNSANA ZARAR VERMEMELİDİR" İHLAL EDERSE, SONUÇLAR Felaket Olur ve Korkarım DÜNYADA HİÇBİR GÜÇ ONU DURDURAMAZ. GÜVENİLİRLİĞİNİ GÜVENLİ BİR ŞEKİLDE ONAYLAMAMIZ İÇİN YAKLAŞIK 30 YIL GEREKECEKTİR. Ne yazık ki o günü göremeyeceğim, ne de işimi yürütecek kimsem yok. BU NEDENLE ONU, GÜVENİLİRLİĞİ ONAYLANANA KADAR İÇ SİSTEMLERİNİ TEST EDECEK BU KAPSÜLDE MÜHÜRLEYMEYE KARAR VERDİM. LÜTFEN O ZAMANA KADAR KAPSÜLÜ RAHATSIZ ETMEYİN. "X", BÜYÜK OLASILIKLARIN yanı sıra BÜYÜK RİSKLER DE BARINDIRIR. SADECE EN İYİSİNİ umabilirim. 18 EYLÜL 20XX T.IŞIK X'in tasarımı Cain'in ilgisini çekti ve Dr. Light'ın notlarını analiz etti. Aylar sonra Cain, Reploidler adı verilen X'e benzer robotlar yaratmayı başardı ve bunlar dünya çapında seri üretilmeye başlandı. Bilinmeyen nedenlerden dolayı bazı Reploidler garip davranmaya başladı ve Mavericks olarak etiketlenerek insanlara saldırdı. Olası herhangi bir tehdide karşı koymak için Maverick Avcıları oluşturuldu. Gelişmiş bir Reploid olan Sigma, liderleri olarak atandı. X ayrıca Maverick Hunters'ın bir üyesi oldu. Zaman geçiyor ve Maverick Avcıları barışı korumayı başarıyor, ancak bir gün Sigma'nın kendisi de Maverick oldu ve insanlığa karşı bir savaş başlatmak için diğer Maverick Avcıları da ona katıldı. X doğası gereği pasifist olmasına rağmen bir şeyler yapması gerekiyordu, bu yüzden Sigma ve Mavericks'in hırslarını durdurmak için Maverick Hunters'ın yeni lideri Zero'ya katıldı.