

Tenchu 2, Tenchu'nun bir ön bölümüdür ve önceki oyundan önceki olayların öyküsünü anlatır. Bir kez daha, efendileri savaş çağında nazik bir adam olan iki sadık ve onurlu ninja olan Ayame veya Rikimaru olarak oynayabilirsiniz. Eğitiminiz neredeyse tamamlanmışken, kendinizi lordunuza kendi topraklarındaki bir iç savaşa karşı yardım ederken buluyorsunuz. Ancak her şey göründüğü gibi değildir ve çok geçmeden en büyük tehdidinizin de tıpkı sizin gibi uydurulmuş olduğunu fark edeceksiniz. Selefi gibi Tenchu 2 de 3D üçüncü şahıs gizli aksiyon oyunudur. Bu sefer sadece gizliliğiniz için değil aynı zamanda hareket verimliliğiniz için de ödüllendirileceksiniz. Bu ekstra özellik, daha iyi öğelere ulaşmanın zorluğunu artırır, çünkü yalnızca sessiz olmanız değil, aynı zamanda adımlarınızda doğrudan ve mükemmele yakın olmanız gerekir.
Oyun, Tenchu: Stealth Assassins oyununun bir ön bölümü olarak tasarlandı ve serinin kahramanları Rikimaru ve Ayame'yi, Shiunsai adlı yaşlı ustaları ve Tatsumaru adlı başka bir Azuma ninjası tarafından öğretilen gençler olarak tasvir ediyor. Oyun, Rikumaru'nun sağ gözünün üzerindeki ünlü yara izini nasıl aldığını ortaya koyuyor (oyunun kapağında gösterilmiyor). Azuma Ninjaları sayısız nesiller boyunca Gohda Hanesi'ne hizmet etti. Şimdi üç genç ninja, Rikimaru, Ayame ve Tatsumaru, Lord Gohda Matsunoshin'i bir darbe girişimine ve kendilerine Yanan Şafak adını veren gizemli bir ninja grubuna karşı korumak zorundadır. Üç ninja, Azuma klanına kabul edildikten sonra Lord Gohda'nın amcası Motohide'nin saldırısı altındaki Gohda kalesine çağrılır. Lord Gohda'nın karısı Leydi Kei'nin ölümü ve Lord Gohda'nın kızı Prenses Kiku'nun kaçırılmasını içeren kanlı bir savaşın ardından Rikimaru, Motohide'ın Lord Gohda'yı öldürmesini durdurur ancak Motohide'in kaçmasını engelleyemez. Motohide'ın rakip Lord Lord Toda için çalıştığı ortaya çıktı. Toda, Motohide'ı öldürür, ancak kendisi öldürülür ve Lord Toda'nın ninjasının lideri Leydi Kagami tarafından başı kesilir. Kendilerine Yanan Şafak adını veren, Yanan Şafağın dört Lordu Suzaku, Genbu, Seiryu ve Byakko'dan oluşan ve Leydi Kagami liderliğindeki bir grup asi ninja grubuna liderlik ediyor. Daha da kötüsü, Azuma Ninja'nın yakın zamanda lideri olan Tatsumaru'nun kaybolması. Daha sonra Tatsumaru'nun hafızasını kaybettiği ve artık Yanan Şafak'ın bir parçası olduğu ortaya çıktı. Rikimaru ve Ayame'in artık Lord Gohda'yı kurtarması ve ülkeyi yeniden iç savaşa sürüklemeyi amaçlayan ninja ayaklanmasını durdurması gerekiyor. Yanan Şafak'ın kökenleri, Lord Gohda'nın amcası Motohide'ın, krallığının kontrolünü ele geçirmek için Toda Yoshisada adlı bir savaş ağası ile ittifak kurmasıyla başlar. Toda, Gohda kalesine bir saldırı başlattı ve bu saldırı, Lord Gohda'nın karısı Leydi Kei'nin ölümü ve kızı Prenses Kiku'nun kaçırılmasıyla sonuçlandı. Motohide daha sonra Toda tarafından ihanete uğrar ve öldürülür, ancak baş suikastçısı Burning Dawn'ın kurucusu Leydi Kagami tarafından ihanete uğrar ve kendini öldürür. Lord Toda'nın ölümünün ardından bilinmeyen bir süre boyunca Yanan Şafak, adam kaçırma, hırsızlık, zorla çalıştırma, kaçakçılık ve cinayet gibi bir dizi yeraltı suç faaliyetine katılıyor. Bu da örgütün yasadışı faaliyetlerine son vermek için çaba gösteren Lord Gohda ve Azuma Ninja'nın dikkatini çeker. Burning Dawns hiyerarşisi ve onun bayrak gemisi 'Ateş Şeytanı', Rikimaru ve Ayame'nin yanı sıra Gohda ordusunun deniz unsurlarının ortak çabaları tarafından yok edildiğinde nihayet son gelir.