Metal Gear, gizlilik oyunu türünün öncüsü olarak kabul edilir; aynı zamanda daha sonraki Metal Gear devam filmlerinin çoğunu da yöneten Hideo Kojima tarafından tasarlanan ilk video oyunuydu. Oyun, dünyanın herhangi bir yerinden nükleer füzeler fırlatabilen iki ayaklı yürüyen bir tank olan Metal Gear'ı yok etmek için güçlendirilmiş Outer Heaven durumuna tek başına sızma görevine giren Solid Snake kod adlı özel kuvvetler ajanının etrafında dönüyor. Oyuncu, kod adı Solid Snake olan askeri ajan ana karakterin çeşitli konumlarında gezinmeli, aynı zamanda devriye gezen muhafızlarla görsel temastan ve doğrudan yüzleşmeden kaçınmalıdır. Oyuncu görülürse oyun "Uyarı Moduna" girer. Bu durumda Snake'in sızmaya devam edebilmesi için düşmanın görüş alanından kaçması gerekir. Kaçmanın yöntemi, keşfin ardındaki koşullara bağlı olarak değişir: Snake görülüyorsa ve düşmanın kafasının üzerinde yalnızca tek bir ünlem işareti görünüyorsa, yalnızca oyuncunun mevcut ekranındaki düşmanlar saldıracak ve Snake, bitişik ekrana geçerek kaçabilir. Bununla birlikte, düşmanın üzerinde iki ünlem işareti belirirse (veya oyuncu bir kamera, kızılötesi sensör tarafından tespit edilerek veya bastırılmamış bir silah kullanılarak alarmı tetiklerse), ekran dışından da takviyeler görünecektir. Snake ancak gelen tüm düşmanları ortadan kaldırarak, dışarı çıkarak veya bir asansöre girerek kaçabilir. Oyuncu oyuna silahsız başlar, ancak sonunda Beretta 92F ve M79 el bombası fırlatıcı gibi ateşli silahların yanı sıra uzaktan kumandalı füzeler ve kara mayınları gibi patlayıcılar da edinir. Cephane ve silah malzemeleri sınırlıdır, ancak mühimmat depoları veya ek malzemeler alınarak yenilenir. Silahlar yalnızca düşmanları öldürmek için değil aynı zamanda içi boş duvarlar ve elektrikli zeminler gibi engelleri ortadan kaldırmak için de kullanılabilir. Snake ayrıca devriye gezen düşmanları yumruklamak ve yenmek için yumruklarını kullanabilir. Bazen, oyuncu kimseyi uyarmadan bir gardiyanı yumruklarla yenerse, mağlup olan gardiyan tek bir birim erzak veya alınabilecek bir cephane kutusu verecektir. Oyuncu, düşman muhafızlarının yanı sıra, oyuncuyu savaşmaya zorlayacak ve patron karakterler olarak hizmet edecek paralı askerlerle de karşı karşıya kalacak. Düşman üssü, içlerinde birden fazla katın (bodrum katları dahil) bulunduğu üç farklı binadan oluşur. Oyuncu, kapıların kilidini açmak ve yeni alanları keşfetmek için anahtar kartları ve diğer öğeleri kullanır. Her kapı yalnızca ilgili anahtar kartlarına açılacaktır. Binalarda tutulan rehineler kurtarılarak bilgi elde edilebilir. Beş rehineyi kurtardıktan sonra oyuncunun rütbesi bir yıldız artacak (maksimum rütbe dört yıldız olacak), bu da taşıma kapasitesinin ve maksimum sağlığın artmasını sağlayacak. Ancak bir rehine öldürülürse oyuncu bir önceki rütbeye indirilir. Oyuncunun komutanları Big Boss veya Outer Heaven yakınlarında gizlice faaliyet gösteren direniş üyelerinden biriyle (Schneider, Diane ve Jennifer) iletişim kurması için bir alıcı-verici mevcuttur. Snake'in müttefiklerinin her biri belirli bir konuda uzmanlaşmıştır. Oyuncu, müttefikleriyle iletişim kurabilmek için onların frekans numaralarını takip etmelidir. Radyo mesajlarının tümü oynatıcının bulunduğu odalara bağlıdır.
20. yüzyılın sonlarına doğru Batı, Güney Afrika'nın Galzburg kentinin 200 km kuzeyinde "efsanevi bir paralı asker" tarafından kurulan müstahkem bir devlet olan Outer Heaven'da bir kitle imha silahının inşa edildiğini keşfeder. Özel kuvvetler birimi FOXHOUND, kaleye sızması, durumu değerlendirmesi ve tehdidi etkisiz hale getirmesi için üst düzey ajan Gray Fox'u gönderir. FOXHOUND birkaç gün sonra Gray Fox ile bağlantısını kaybeder ve son mesajı "METAL GEAR..." olur. FOXHOUND komutanı Big Boss, Gray Fox'a ne olduğunu öğrenmek için Intrude N313 kod adlı bir operasyonla en yeni üyesi Solid Snake'i bölgeye gönderir. Snake, Outer Heaven'a girdikten sonra yerel direniş üyeleri Schneider, Diane ve Jennifer ile temas kurar. Tüm becerilerini ve sahadan temin ettiği ekipmanı kullanarak Fox'u kurtarmayı başarır. Fox, Metal Gear'ın her türlü savaşa girebilen ve her yerden nükleer silah fırlatabilen, nükleer donanımlı, iki ayaklı yürüyen bir tankın kod adı olduğunu açıklıyor. Outer Heaven, kendisini dünyanın yeni süper gücü olarak kabul ettirmek için Metal Gear'ı kullanmayı planlıyor. Snake, Metal Gear'ı yok etmek ve Outer Heaven paralı askerlerini devirmek için Metal Gear'ın baş mühendisi Dr. Pettrovich Madnar ve kızı Ellen'ı kurtarır. Bilim adamı, Metal Gear'ın nasıl yok edilebileceğini açıklıyor ve Snake, Outer Heaven'ın birlikleriyle savaşıyor. Ancak yoluna çıkan tuzakların çok hassas olduğunu fark etmeye başlar ve faaliyetlerine ilişkin bilgilerin nasıl takip edildiğini merak etmeye başlar. Big Boss tuhaf davranmaya başlar ve sonunda Snake'e görevi iptal etmesini söyler (oyuncuya konsolu kapatmasını söyleyerek dördüncü duvarı kırar). Üstelik Schneider, düşmanlar tarafından pusuya düşürülür ve Snake ile bağlantısını kaybettikten sonra öldüğü varsayılır. Snake, Outer Heaven'ın ana üssüne nüfuz eder ve tamamlanmadan önce Metal Gear'ı ortadan kaldırır. Yerleşkenin bodrum katından güvenli bir şekilde kaçarken, Dış Cennetin Büyük Patron olduğu ortaya çıkan paralı asker lideriyle karşı karşıya kalır. Yozlaşmış lider, bağlantılarını askeri istihbarat çalmak, kendi paralı asker gücünü kurmak ve faaliyetlerini finanse etmek için kullandığını ortaya koyuyor. Onun amacı Dış Cennet'in Batı'ya bile diz çöktürebilecek dünyanın en büyük süper gücü haline gelmesiydi. Yakalanmasını ve yetkililere yanlış bilgi vermesini umarak çaylak Snake'i göndermişti, ancak Snake'in yeteneklerini açıkça hafife almıştı. Metal Gear'ı ve gücünün çoğunu kaybetmiş olan Big Boss, görünüşe göre yerleşkenin kendi kendini yok etme dizisini başlatıyor ve yalnız ölmeyeceğine söz veriyor; Yılan ona katılacak. Snake, son savaşta Büyük Patron'u yener ve arkasında alevler içinde kalan Dış Cennet yerleşkesinden kaçar. Bitiş jeneriğinden sonra Big Boss'tan Solid Snake ile tekrar buluşacağını söyleyen bir mesaj görüntülenir.
